Thái tử Long Cán lên ngôi mới 3 tuổi theo di chúc của tiên đế. Bà Chiêu Linh Thái hậu trái lại muốn lập Long Xưởng lên làm vua. Long Xưởng đáng lé được giữ ngôi cửu ngũ vì đã được phong làm thái tử nhưng trước đây phạm tội nên bị truất.
Tô Hiến Thành bấy giờ là một vị đại thần và trung thần cương quyết thi hành lời ủy thác của tiên đế không ham vàng bạc của Thái hậu đem đút lót. Năm Kỷ Hợi (1179) ông mất và trước khi gần chết ông cử Gián Nghị đại phu Trần Trung Tá thay mình nhưng sau này triều đình đã trái ý ông, cử Đỗ Yên Di làm phụ chính và Lý Kinh Tu làm đế sức. Bà Chiêu Linh Thái hậu tuy vẫn nuôi ý lập Long Xưởng nhưng trong triều còn nhiều người đứng đắn việc mưu toan phế lập không thi hành nổi.
Lý Cao Tông lớn lên thiếu hết đức tính cao cả của một ông vua, chỉ ham chơi bời săn bắn, xây dựng cung điện khiến nhân dân phải phục dịch khổ sở. Ngoài ra lại còn những việc mua quan, bán tước, hà hiếp nhũng lạm để lấy tiền tiêu vào các chuyện xa xỉ. Năm Trinh Phù thứ 9 (1184) miền Đông có cuộc nổi loạn của dân các trại Tư và Mông. Năm thứ 10 có cuộc nổi loạn của dân Mán trại Viêm. Năm Thiên tư Gia thụy thứ 7 (1192) có cuộc nổi loạn của người giáp Cổ Hoàng ở Thanh Hóa. Chiêm Thành cũng luôn luôn cướp phá.
Vua quan tỏ ra bất lực và không ai lo việc nước. Các lương thần già yếu chết dần hoặc bị bọn gian nịnh lấn áp, cho tới năm Bính Thìn (1208) tại Nghệ An, Phạm Du nổi lên, chiêu nạp bọn vong mạng mưu đồ đại sự. Quan Phụng Ngự là Phạm Bỉnh Gi được phái đi đánh dẹp, thắng được quân nghịch, tịch thu của cải và đốt phá hết doanh trại cùng cơ sở của chúng. Biết trong triều chỉ còn những tham quan, ô lại, Phạm Du cho người về kinh mang vàng bạc dút lót vu cho Bỉnh Gi đã làm những điều hung bạo, giết hại lương dân, Phạm Du lại còn xin về triều khiếu oan.
Vua Cao Tông ưng thuận đồng thời cho triệu Bỉnh Gi về kinh giam lại. Thấy chủ tướng lập được công mà mắc tội, bộ hạ của Bỉnh Gi phẫn uất đem quân vây hãm kinh sư. Cầm đầu quân sĩ của Bỉnh Gi là Quách Bốc. Mục đích của họ là phá thành cứu chủ tướng. Trước việc biến động này vua Cao Tông cho giết luôn Bỉnh Gi rồi cùng thái tử Sam bỏ kinh thành chạy lên sông Thao (Phú Thọ). Sau thái tử Sam chạy về Hải Ấp vào nương nấu ở nhà Trần Lý người láng Tức Mặc, huyện Mỹ Lộc, phủ Xuân Trường tỉnh Nam Định.
Trần Lý là một nhà hào phú ở đây khởi nghiệp bằng nghề đánh cá và có uy thế tại địa phương. Họ Trần thấy trong nước biến loạn, có ý lo toan việc lớn nên thu thập những kẻ đã đi đánh cướp nhiều nơi. Được thái tử về trú ngụ ở nhà mình, Trần rất lấy làm mừng rỡ. Thái tử thấy Trần thị con gái Trần Lý có nhan sắc bèn lấy làm vợ rồi phong cho Trần Lý tước Minh Tự, cậu Trần thị là Tô Trung Tử người làng Lưu Xá làm Điện Tiền chỉ huy sứ. Thanh thế của họ Trần cho người lên Qui Hóa (Phú Thọ) rước Cao Tông trở về cung. Sau Cao Tông cho quân về đón Thái tử ở Lưu Xá.
Vua Cao Tông sau năm biến loạn thì mất vào tháng 10 năm Canh Ngọ (1210), trị vì được 35 năm, thọ 38 tuổi. Nhà Lý từ đời Cao Tông bắt đầu suy yếu rõ rệt.
