Thái Tử Sam trở về kinh đô lên ngôi tức là Huệ Tông, Trần Thị được phong là Nguyên Phi. Lúc này Trần Lý bị giặc cướp giết nhưng con thứ là Tự Khánh vẫn nắm giữ được binh quyền. Huệ Tông phong cho Tự Khánh làm Trung Tín Hầu, cậu Tự Khánh là Tô Trung Tử làm Thái Úy Thuận Lưu Bá, Trần Thừa làm Nội Thị Phán Thử.
Huệ Tông là một ông vua nhu nhược luôn bệnh hoạn, lại không am hiểu chính trị, mọi việc trong triều đều giao cho an hem chú bác họ Trần quyết định. Vì vậy ảnh hưởng của họ Trần trong triều mỗi ngày một lớn khiến bà Thái Hậu sinh nghi. Năm Quí Dậu (1213) bà Thái Hậu thường dày vò Trần Thị luôn. Tự Khánh đem quân đến kinh đô xin rước vua đi. Vua cũng ngờ Tự Khánh làm phản rồi giáng Trần Thị xuống làm Ngự Nữ. Tự Khánh thân đến xin lỗi. Vua và Thái Hậu bỏ đi Lạng Sơn để đề phòng sự bất trắc.
Lần nữa Tự Khánh đến xin rước vua, vua lại đưa Thái Hậu di cư sang huyện Bình Hợp. Sau này Thái Hậu lại đòi vua bỏ Trần Thị, Huệ Tông không nghe. Thái Hậu định bỏ thuốc độc cho Trần Thị, Huệ Tông phải san xẻ bữa cơm của mình cho Trần Thị và không xa Trần Thị một bước. Sau này Thái Hậu bức bánh quá, Huệ Tông và Trần Thị lẻn trốn Thái Hậu về trú ở nhà tướng quân Lê Mịch ở huyện Yên Duyên rồi cho tìm Tự Khánh vào chầu. Từ đấy thế lực họ Trần lại mạnh hơn trước. Năm Kiến Gia thứ 6 Trần Thị được phong làm Thuận Trinh Phu Nhân, sau được tôn làm hoàng hậu. Tự Khánh làm Thái Úy Phụ Chính cùng Phan Lân tổ chức quân sự luyện tập quân đội, sửa sang võ bị. Tháng Chạp năm Quý Mùi (1223) Tự Khánh mất, Trần Thừa đặc cách thăng Phụ Quốc Thái Úy và em họ Trần Hậu là Trần Thủ Độ được lĩnh chức Điện Tiền Chỉ Huy Sứ, một địa vị quan trọng bậc nhất thời bấy giờ.
Huệ Tông thường ốm đau, điên dại, rượu sau liên mien suốt ngày. Trần Thủ Độ xét định mọi việc triều chính. Ngôi sao của Thủ Độ mỗi ngày một thêm sáng. Vương quyền của họ Lý mỗi ngày một lu mờ, nhất là Trần Thủ Độ dụ được Huệ Tông khoác áo hòa thượng vào tụng kinh, niệm kệ trong chùa Chân Giáo.
Huệ Tông chỉ sinh được hai gái. Người chị là Thuận Thiên Công Chúa đã gả cho Trần Liễu, con trưởng của Trần Thừa. Em là Chiêu Thánh Công Chúa (tên chính là Phật Kim) mới lên 7 tuổi, Huệ Tông yêu dấu hết sức. Tháng 10 năm Giáp Thân, Huệ Tông truyền ngôi cho Chiêu Thánh Công Chúa.
